【税理士監修】ふるさと納税の確定申告のやり方を解説。e-Taxや紙の申告書での申請方法
ふるさと納税の税金控除を受けるには、控除の申請をする必要があります。
申請方法には、確定申告とワンストップ特例制度の2通りの方法があります。
この記事では、確定申告が必要な場合と必要ない場合、e-Taxや紙の申告書での申請方法と申請期限について解説。また、もし確定申告を忘れた場合の対処方法についても解説します。
確定申告を忘れずに行って、ふるさと納税の税金控除をしっかりと受けましょう。
ふるさと納税では、なぜ確定申告が必要なの?

ふるさと納税をするメリットの一つに、「税金の控除が受けられる」ということがあります。
ふるさと納税で寄付をした金額のうち、「年間の総寄付金額ー2,000円」の額が、その年の所得税や翌年の住民税から控除されます。
この控除は税法上「寄附金控除」と呼ばれます。
しかし、寄付をすれば自動的に控除されるわけではなく、控除を申請する必要があります。
控除を申請する手続きの方法には、以下の2通りがあります。
ワンストップ特例制度とは
ワンストップ特例制度は、以下の条件を満たす場合に利用できる制度です。
・もともと、確定申告が不要な給与所得者
・医療費控除や、初年度の住宅ローン控除を受けない
・年間(1月~12月)のふるさと納税の寄付先が5自治体以内
ワンストップ特例制度は、寄付先の自治体に申請書を郵送するだけで手続きが完了する簡単な手続きです。またふるさと納税ポータルサイトによっては、オンライン上で手続きが完結する場合もあります。
詳しくは、以下の記事をご参照ください。
ワンストップ特例制度の利用条件を満たさない場合は、確定申告を行ってふるさと納税の控除を申請します。
確定申告とは
確定申告とは、「1月1日から12月31日までの1年間に生じた所得の金額」と「それに対する所得税などの金額」を計算し、国(税務署)に申告する手続きのことです。
源泉徴収された税金や予定納税額などがある場合には、確定申告でそれらの過不足を精算します。納めすぎている場合は、超過して支払った分の税金が「還付」という形で戻ってきます。
確定申告をする必要がある人とは
確定申告は基本的に、自営業者や個人事業主、不動産収入がある方などが対象です。
給与所得者は、勤務先の企業が年末調整で所得税の過不足を精算するため、確定申告は必要ありません。
しかし給与所得者であっても、以下の条件にあてはまる場合は確定申告が必要です。
・その年の給与収入が2千万円を超える場合
・給与以外の所得の合計額が20万円を超える場合
・給与所得者だが、年末調整を受けていない(給与所得の源泉徴収票に源泉徴収税額の記載がある)場合
・2か所以上から給与を受け、年末調整をしていない給与収入と各種所得の合計額が20万円を超える場合
・医療控除や住宅ローン控除などの控除を受ける場合
・ふるさと納税で、年間に6自治体以上に寄付をした
詳しい条件については、国税庁のホームページで確認してください。
【ふるさと納税】確定申告のやり方

確定申告ができる時期は、例年2月16日~3月15日の間です。
祝日や週末などの都合で1日ほど前後する場合がありますが、2025年(令和7年)分の確定申告書の受付は、2026年(令和8年)2月16日(月)から3月16日(月)です。
期日までに、所轄の税務署に確定申告書を提出します。

確定申告のために用意するもの
確定申告に必要な書類は、給与所得者、自営業者または年金受給者、控除の種類などにより異なります。詳しくは、国税庁のホームページで確認できます。
いずれの場合にも共通して必要となるものは、以下の5点です。
・本人確認書類
・所得の金額がわかる書類
・ふるさと納税の「寄附金受領証明書」またはふるさと納税ポータルサイト発行の「寄附金控除に関する証明書」
・ふるさと納税以外の控除も受ける場合は、それらの控除申請に必要な書類
・銀行口座がわかるもの
確定申告の2通りのやり方

確定申告のやり方は、書面を提出する方法と、インターネット上で申告する方法の2通りがあります。
書面を提出する方法
書面(紙の申告書)で申告する場合は、以下のいずれかの方法があります。
・申告書を国税庁のホームページで印刷して、手書きで記入し、郵送または持参で税務署に提出する
・国税庁のホームページ「確定申告書等作成コーナー」で確定申告書(PDF)を作成して印刷し、郵送または持参で税務署に提出する
申告書はまた、管轄の税務署などでも配布しています。
インターネット上で申告する方法
国税庁のサイトのe-Tax(国税電子申告・納税システム)というシステムを利用して、確定申告を行います。
インターネット上で申告作業が完結し、税額などは自動計算され、添付書類も少ないのでとても便利です。
パソコンだけでなく、スマホやタブレットからも申告ができます。
国税庁のホームページ「確定申告書等作成コーナー」で指示に従って情報を入力していくことで、確定申告書の作成と送信ができます。
またe-Taxと連携している会計ソフトウェアを使っている場合は、会計ソフトウェアから直接、確定申告ができます。
パソコンやスマホで申請する場合、マイナポータルとの連携方法などについて国税庁のホームページに解説動画があるので、参考にしてください。
e-Tax利用の事前準備
e-Taxを利用するには、「電子証明書」と「利用者識別番号」が必要となるので、事前に取得しておきましょう。
電子証明書は、データの作成者が誰なのか、そして送信されたデータが改ざんされていないかを確認する役割を持ちます。
主にマイナンバーカードが電子証明書として利用されるので、すでにマイナンバーカードを持っていて、電子証明書が有効である場合は手続きは不要です。
利用者識別番号は、半角16桁の番号です。取得するには、 e-Taxホームページで取得する、書面で税務署に取得を申請する、税理士に依頼するなどの方法があります。
確定申告のやり方の相談先
「いろいろ読んだけど、それでも意味がわからない…」という場合は、相談に行きましょう。
例年、確定申告の申告期間になると各地に「確定申告会場」が設けられます。また申告期間より前の時期には、税務署でも相談を受け付けています。
いずれも、事前の予約が必要です。2025年(令和7年)分の確定申告の相談の予約は、オンラインで2025年12月22日(月)から受け付けが始まります。また2026年2月13日(金)までは、電話でも予約ができます。
相談は非常に混み合うので、早めに予約しましょう。
ワンストップや確定申告を忘れた!期限を過ぎた場合
ワンストップ特例の申請や確定申告が期限までにできなかった場合も、以下の方法で寄附金控除が受けられます。
ワンストップ特例の申請期限が過ぎてしまった場合
ワンストップ特例制度の申請を期限内にできなかった場合は、確定申告を行って寄附金控除を申請することができます。
複数回の寄付をしており、一部の寄付についてはワンストップ特例制度の申請が済んでいても、確定申告を行う場合はすでに行ったワンストップ特例の申請が無効になります。確定申告で、すべての寄付について再度、寄附金控除を申請してください。
確定申告の申請期限が過ぎてしまった場合
ふるさと納税の寄附金控除は、寄付をした翌年から5年間の間、申告することができます。
確定申告の期限の3月15日に間に合わなかった場合は、翌日以降にでも、すぐに申告するといいでしょう。
確定申告後、お金が還付される時期
確定申告を行った場合は、ふるさと納税の寄付金額が所得税と住民税の両方から控除されます。
所得税からは「還付」、住民税からは「控除」つまり「減額」という形で控除されます。
所得税の還付
e-Taxで確定申告をした場合は還付が早く、申告から3週間程度で指定した口座に振り込まれます。
その他の手段で申告した場合は、1か月〜1か月半程度で還付されます。
住民税の還付(控除)
住民税は、寄付をした翌年の6月から翌々年5月までの1年間、12回に分けて住民税から一定の額が毎月「減額」という形で控除されます。
毎年5〜6月に自治体が発行する「住民税決定通知書」で、控除額が確認できます。
まとめ
ふるさと納税をした場合の確定申告のやり方について説明しました。
確定申告にはいくつかのやり方があり、それぞれ必要書類や還付の時期などが異なります。
期限までに申告するために、やりやすい方法で早めに申告しましょう。
ふるさと納税の控除に加えて医療費控除も受ける場合については、以下の記事で解説しています。ぜひ参考にしてください。
監修者

監修:坂根正哉
focAs会計事務所&労務事務所 代表税理士、資格の学校TAC 非常勤講師(税理士試験 法人税法)
2010年に明治大学を卒業。TAC株式会社に非常勤講師として入社し、二足の草鞋で都内の税理士事務所に勤務。2013年に税理士試験合格。2017年に開業税理士として登録。現在は、クラウド会計に特化した会計&労務事務所を東京と福岡の2拠点で展開している。
























